Permutant

Vad gör man när ens resultat inte riktigt stämmer med önskningarna? Detta är något jag återigen har ställts inför. Det finns flera metoder. En går ut på ad hoc-heuristik. Hitta på en bättre formel och skäms inte för att det är ett rent påhitt. I detta fall handlar det om att vikta med kvadraten på sannolikheten för varje fall (i stället för den okvadrerade sannolikheten), men att sedan inte överförstora differensen genom att skala med roten på viktsumman. Jättemärkligt, men det ger något bättre resultat än något annat jag har hittills. Händelsevis är HKR marginellt bättre ändå.

Simuleringarna har dock, gång på gång, haft allehanda egenheter. Jag missade ända tills idag att verkligen simulera könsberoende rekombinationsavstånd, till exempel. Jag har också haft olika egenheter i simulering av nollvärden. Det jag gör nu är att inferera så mycket jag kan på verkliga data och sedan låta allt som är nollor bestå som nollor i den simulerade populationen. Hela problematiken handlar om att nollor i F0/F1 nu även kommer ned till F2, när de inte gjorde det alltid tidigare.

Aktuella simuleringar bygger nu på att simulera två loci och köra glatt med det. Varför derivataframstegen inte fungerar så bra vet jag inte heller. Därför är varje körning rätt tung nu och jag använder glatt råa scorevärden snarare än experimentberoende permutationsrang.

Kampanj? Suck. Kår? Suck. Inkomstdeklaration för organisation? Suck. Kallelser? Suck. Samboskap? Lycka!