Växtkraftig monokot, diploid och tricuspidalis

Jag har fått lite fina simulerade data med egentlig haplotypinformation. Det blir då enkelt att testa om haplotypning fungerar som den skall. Enkelt och enkelt, 1000 markörer för 1500 F2-individer gör att saker plötsligt tar lång tid igen (över ett dygn för en iteration med 4 kärnor). Så vad gör jag? Testar med små, små utsnitt i stället. Där ser man ett problem som kanske har anats tidigare: rerekombination av en hel kedja. Lås haplotypen i ena änden och hoppas att sanningen propageras steg för steg ned till slutet. I en F0 kan ett enda brott lätt bli okorrigerbart, när ändringar i senare iterationer bara är lokala.

I alla fall kan man lägga till en speciell simulerad växling genom att invertera en delmängd av tillstånd. Det gör också att det finns ytterligare lite mer templatemagi i koden nu. Problemet var dock att med lite fel normering kunde man mycket lätta hamna i ett tillstånd där samma klyvpunkt rekommenderades för rotation, om och om igen. Beslutsångest som skulle få DN att skriva något blaj om att mitt program är intelligent...

Nästa vecka börjar möten på allvar igen. Jag står rustad för det mesta, utom oundvikliga kollisioner.