100 % återvunnet

En manusmakare här bor i staden,
han skriver papper mest hela dagen,
han skriver stora, han skriver små
vissa de skriver han bara på

Och i hans CV hänga inga later
reviews, proceedings, stipendiater
och är du snäller så kan du få
ett internship tills du måste gå

---

Meanwhile in the dungeon dimension of scientific research

Min nuvarande haplotypkod testar många kombinationer. Man kan nog säga ruskigt många. Den är emellertid fortfarande polynomisk vad gäller kromosomlängd, vilket väl är nästan allt man kan önska sig. Poängen är att dels se till att lokala haplotypskattningar inte binds till en specifik förälder (hur gör man det? jo, genom att köra två gånger och spegla mellan dem, det blir bara lite sorgligt när man sedan i grunden har samma problem för föräldrarna också, så då kan 2 bli 8, eller 32, eller 128, så fort man blinkar). Det andra är att i den misshandlade Markov-sekvens som räknas ut hålla reda på hela släktträdet som tillstånd. Det är inte bara intressant att veta arvslinjen för den sträng jag fick i en viss punkt, utan även den sträng jag inte fick. Om man inte vet fas för den strängen (det vill säga vilken farförälder den i sin tur kom från) kan man ju inte bedöma korrekt hur många rekombineringar som måste till för att den skall vara tänkbar i en senare position. Tillståndsrummet har i alla fall exploderat och massiva tilltag med Smarta Lösningar har inte gjort så mycket. Det blev inte bättre av att en första 20-timmarskörning (på 8 processorer!) var värdelös eftersom jag hade gjort slut på diskkvoten på UPPMAX. Jag hoppas dock innerligt att den visar några söta resultat, man föreställer sig på något vis att informationen egentligen finns där och jag har nu gjort rätt mycket för att suga ut den.