Wunderbaum

Det finns en mycket trevlig liten algoritm. Den gör anspråk på att vara kapabel att träna HMM:er. Det finns lite kopplingar till logistisk regression och allt möjligt, men i korthet kan en typ av kritik vara att samma signal tas med flera gånger och att man får en oscillation mellan iterationerna. Om resultatet är p = A * B och vi sedan beräknar p' på observerade värden för A och B betingat på hela sekvensen kommer den relativa överrepresentationen, om de är synergistiska, att vara mindre än vad den framstår som när man hanterar dem enskilt. Men vem bryr sig väl om det?

Det blir värre när man klurar in ett system där emissionssannolikheterna i sig är produkter av parametrar och samtliga justeras samtidigt. Dämpning kunde definitivt vara på sin plats i detta fall.

I måndags implementerade jag i alla fall fusk-BW i cnf2freq och insåg att jag måste utöka tillståndsrummet ytterligare för att kunna göra riktigt det jag borde. Jag har i alla fall redan nu då ett hjälpligt stöd för att generera haplotypinferens genom den totala kullen från två F1-föräldrar. Det fungerar i meningen att värdena konvergerar mot extremvärden för många loci. Jag har lite svårt att veta om den gör rätt, däremot.

Under tisdagen insåg jag under en cykeltur i centrum att jag kan behålla n:et i cnf2freq (för det är ju inte alls mina initialer...) och ändå slippa en irriterande faktor baserad på det totala antalet markörer i sekvensen, som givit prestanda motsvarande ungefär O(mn^2), m antal individer, n antal markörer. Egentligen skall man kunna göra O(mn) med en låst punkt, men min insikt låg i att man givetvis kan göra O(mn log n), på ett sätt som kan uttökas till flera låsta punkter. Koden för att verkligen göra flera punkter finns inte, men jag hade tidigare aldrig velat skriva en komplexitetsreducerad version, eftersom flerpunktsversionen ändå i slutänden är det kanske intressantaste. Dock behövs flerpunkt per definition inte för BW, så jag hade ett prekärt problem i att BW också tog tid. Nu skaffade jag mig helt enkelt en större flugsmälla och är mäkta nöjd.

Jag försöker skriva ett spöke också, eller hur det nu var. Det går sådär.